至于南翼则在95年2月兴建，97年6月竣工，同年8月开放公众启用。专科诊所包括地下共5层，总面积7930平方米，设有70间诊症室，装置先进仪器设备。地下是开放式药房，1楼及2楼分别是内科及妇产科，3楼及4楼则分别是儿科及眼科，各为市民提供专科门诊服务，其他设施还包括治疗室、激光室及手术室等。 1999年4月，由基金会捐资兴建的本港首个矫形外科及创伤学进修培训中心正式开幕，该中心设于专科诊疗所内，利用先进科技及专业知识为骨科医护人员提供全面而富启发性的培训，每年可训练达500名骨科医生。
李嘉诚专科诊疗所(北翼)附设于沙田威尔斯亲王医院南端，1984年5月随着医院落成正式开放启用，内设49间各类全面性专科检查及诊症室，包括内外科、妇产科、儿科、矫形外科、精神科、皮肤科、肿瘤科、眼科、耳鼻喉科等，各分布于四层楼宇内。
至于南翼则在95年2月兴建，97年6月竣工，同年8月开放公众启用。专科诊所包括地下共5层，总面积7930平方米，设有70间诊症室，装置先进仪器设备。地下是开放式药房，1楼及2楼分别是内科及妇产科，3楼及4楼则分别是儿科及眼科，各为市民提供专科门诊服务，其他设施还包括治疗室、激光室及手术室等。