香港中文大學新成立的「李嘉誠健康科學研究所」的科研焦點主要在跨學科、整合性的研究，以提昇健康，防止疾病。研究範圍包括疾病的發病機制、診斷、監控、治療及預防各方面，特別是預防醫學、臨床醫學及再生醫學等領域的新進程。研究所的獨特之處是利用嶄新及跨學科的研究方法，將基礎及分子科學的先進研究有效地轉化為測試及治療方案，以救助病人及確保市民健康。

此外，基金會先後兩次支持中大醫學院並成立「李嘉誠講座教授席」，首個「李嘉誠講座教授席」由國際知名醫學科學家盧煜明教授出任，盧教授同時為「李嘉誠健康科學研究所」所長；第二個「李嘉誠講座教授席」則由生理學教授兼上皮細胞生物學研究中心主任陳小章女士擔任。

「李嘉誠健康科學研究所」設於沙田威爾斯親王醫院內的臨床科研大樓「李嘉誠醫學大樓」，2007年9月落成啟用。

香港中文大學醫學院與李嘉誠基金會曾多次合作，先後在1984年和1997年助建威爾斯教學醫院兩幢專科診療所大樓，並於2001年透過汕頭大學與中大醫學院合作在汕頭成立聯合汕頭國際眼科中心，為眼病患者提供最先進的治療服務，並透過醫療技術的輸送平台和網絡，建立全新的扶貧社會模式。