計劃的第一期，李先生與教育部合資於3至5年內在全國高等學校國家重點建設學科中設置300至500個特聘教授崗位，明確崗位職責和招聘條件，由獲准設置特聘教授崗位的高等學校向國內外公開招聘。學校遴選、推薦的特聘教授候選人經由國際著名學者成立的專家評審委員會評審通過後，由學校與之簽訂聘約，特聘教授崗位的設置、申請及推薦工作每年進行兩次。受聘人員在聘期內每年可享受人民幣10萬元的特聘津貼及學校按照國家有關規定提供的工資、保險、福利等待遇，在受聘期間取得重大學術成就、傑出貢獻的人員，還可獲得每年頒發一次的「長江學者成就獎」，分為一等獎及二等獎，最高獎勵人民幣100萬元。為進一步充分發揮整體優勢，自2005年起，新一輪的「長江學者成就獎」的獎勵範圍將由面向中國高校，擴大至港澳地區高校和中國科學院研究機構。「長江學者成就獎」採取單位推薦方式，中國大陸和港澳地區高校的候選人，由學校直接向教育部推薦；中國科學院所屬研究機構的候選人，由中國科學院有關部門向教育部推薦。

計劃自1998年8月啟動以來，目前聘任了逾700位特聘教授及逾200位講座教授，產生了五屆「長江學者成就獎」獲獎者。首屆「長江學者成就獎」獲獎者為一等獎上海第二醫科大學陳竺院士及湖南醫科大學夏家輝教授與其小組，二等獎清華大學範守善教授；第二屆一等獎得主為中國西北大學舒德幹博士；第三屆一等獎得主為南開大學南開數學研究所張偉平教授、國家遙感基礎研究及國際知名專家李小文教授；第四屆獲獎者為一等獎中國農業大學李甯教授，二等獎分別為香港中文大學醫學院沈祖堯副院長、中國科學院遺傳與發育生物學研究所李家洋研究員及第二軍醫大學曹雪濤教授。第五屆獲獎者為一等獎中國科學院昆明動物所張亞平研究員及西南交通大學翟婉明教授，二等獎為香港中文大學醫學院李嘉誠醫學講座教授盧煜明及北京大學方精雲教授。